Mike Shinoda lấy Anna (Hillinger) Shinoda từ tháng 5 năm 2003. Cô giờ là một nhà văn viết truyện trẻ em. Bài hát Where'd You Go, theo lời Shinoda, được sáng tác tặng vợ anh. Họ hiện đang chung sống ở Agoura Hills, California. Vào năm 2004, anh đã xuất hiện trên một tập của Punk'd, ở đó một cái vòi chữa cháy được đặt kế xe hơi của anh trong một cảnh giả lửa. Vào năm 2005 anh được phỏng vấn bởi Ike Barinholtz và Bobby Lee từ MADtv tại lễ trao giải Âm nhạc Billboard về sau được phát sóng nhiều kỳ[3]. Anh cũng tiết lộ rằng anh bị bệnh hen suyễn[4].